本剧以中华武术进军2008年奥运会为背景，云中阴影讲述狗娃、云中阴影大乖、豆豆和贾虎等人入选集训队之后发生的故事。集训队的20名队员来自全国各地，他们当中的郭大鹏、梅妞妞、叶子和秀才等都曾获过少年武术比赛的冠军，可谓是高手如林。狗娃等人报到的第一天，便与戏弄他们的郭大鹏发生了冲突，两人从此开始暗中较劲。华勇是位金牌教练。狗娃与爷爷的一张合影照片，让华勇回想起十六前的一段经历。当年他与郭大鹏的父亲同去梁山，拜狗娃的爷爷为师修炼武艺，一场突如其来的大火烧毁了师傅居住的房舍，师傅家传的《燕青拳谱》也不翼而飞。狗娃的爷爷认为是爱徒华勇所为，由此大病一场，隐居深山杜门谢客。狗娃对此一无所知，但他却从队友那里听到一个消息：华勇和郭大鹏的父亲是师兄弟。尤其令狗娃等人感到郁闷的是，华勇安排其他队员练套路，而唯独让他们从基本功开始联起。狗娃等人出言桀骛不驯的个性很让爷爷担心。胖师傅受命来到省城，在亲戚开办的水浒大酒店担任了厨师长。当他得知狗娃等人对教练的安排不满后，遂用水浒先人的典故开导他们，让他们忘掉过去从头开始。而心高气傲的郭大鹏此时却向狗娃发出了挑战，两人约定以“比武”论高低。集训队也被称作08班。刚刚从大学毕业的杨杨担任了08班的班主任兼英语教师。为了让队员们树立为国争光的信念，配合华勇完成训练任务，杨杨热情而真诚地与队员们交朋友，并让他们结成“英语对子”，互相学习，取长补短。中华武术进军奥运，是几代中国人为之奋斗的目标。面对激烈的竞争，08班的队员们以舍我其谁的坚定意志起早贪黑、摸爬滚打；面对伤痛与落选的考验，他们表现出了新一代武术少年坚强勇敢，舍己为人的优秀品质。因为他们清楚，他们为之拼搏和奋斗的不仅是他们自己，而是一个国家的荣誉。但集训队并非真空，各种不良的社会现象、形形色色的价值观念无时不在干扰和影响着他们。然而狗娃的正义率直、大乖的行侠仗义、豆豆的知错就改和贾虎的善良悯恤。却让队员们从中领悟了水浒英雄的精神，影响和改变着他们的人生观和价值观。《燕青拳谱》终于失而复得。华勇以此洗刷了十六年的不白之冤。而郭大鹏也从父亲的不良行经中自省，与狗娃等人一同奔赴北京，参加了国家集训队选拔赛。入选国家集训队的狗娃等人即将启程，在撒落下无数汗水的训练馆里，他们动情地扑向华勇的怀抱……。